Program Studi Magister akuntansi UII merupakan pendidikan S2 bidang akuntansi yang telah terakreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Program ini dirancang untuk mencetak lulusan yang diharapkan bisa menempati posisi setingkat manajer madya dalam suatu organisasi. Disamping itu, lulusan juga diharapkan memiliki kompetensi unggul dengan bekal kemampuan berikut :

1. Kemampuan praktis (practical competencies) yang memadai sehingga mampu meningkatkan kinerja dan prestasinya di tempat mereka bekerja.
2. Kemampuan akademik dan riset yang baik, sehingga mudah untuk melanjutkan kejenjang program pendidikan yang lebih tinggi dan mampu menghasilkan karya ilmiah yang bermanfaat bagi masyarakat.
3. Keahlian di bidang pengembangan organisasi, leadership, dan entrepreneurship.
4. Mengelola, menggunakan, dan menganalisis informasi akuntansi untuk pengambilan keputusan.
5. Menggunakan teknologi informasi dan komunikasi untuk mendukung pekerjaan di bidang akuntansi dan keuangan.