Marfuah menyelesaikan pendidikan S1 di Universitas Muhammadiyah Solo pada tahun 1991 dan ia juga menyelesaikan S2 (M.Si) di Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta pada tahun 2001. Bidang konsentrasi yang beliau tekuni yaitu akuntansi keuangan dan akuntansi manajemen. Saat ini Marfuah merupakan Ketua Program Studi Akuntansi Program Diploma Fakultas Bisnis dan Ekonomika UII.