Program Doktor Ilmu Ekonomi (PDIE) FBE UII berdiri pada 6 Juli 2000 dan menawarkan tiga konsentrasi bidang studi, yaitu: Konsentrasi Manajemen, Konsentrasi Ilmu Ekonomi, dan Konsentrasi Akuntansi. Masing-masing pilihan konsentrasi tersebut memiliki kekhususan bidang ilmu yang akan dipelajari, yaitu sebagai berikut:

1. Konsentrasi Manajemen memiliki 4 kekhususan: Sumberdaya Manusia, Keuangan, dan Pemasaran.
2. Konsentrasi Ilmu Ekonomi memiliki 2 kekhususan: Ekonomi Islam dan Kebijakan Publik.
3. Konsentrasi Akuntansi memiliki 4 kekhususan: Akuntansi Keuangan, Sistem Informasi, Akuntansi Sektor Publik, dan Auditing.

Pada tahun penyelenggaraan program pendidikan ke-17, yaitu pada Desember 2017, Program Doktor Ilmu Ekonomi FBE UII meraih Akreditasi A berdasarkan SK BAN PT No. 5209/SK/BAN-PT/Akred/D/XII/2017. Sampai dengan April 2020, program ini telah meluluskan 58 doktor yang mayoritas merupakan akademisi/dosen di berbagai perguruan tinggi negeri maupun swasta di Indonesia.

PDIE FBE UII saat ini merupakan salah satu mitra lembaga pemberi beasiswa LPDP dan BPPDN, sehingga setiap calon mahasiswanya yang berlatar belakang dosen yang memiliki NIDN berhak mengajukan beasiswa pendidikan doktor ke LPDP atau Beasiswa Pendidikan Pascasarjana Dalam Negeri (BPPDN) dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi.

Sebagian besar lulusan sudah memiliki publikasi ilmiah di jurnal internasional bereputasi pada saat diwisuda, sehingga mereka akan sangat terbantu dalam mengembangkan dan memajukan karier akademis di tempat pengabdian masing-masing.