Berbagai pusat pengkajian dan penelitian dikembangkan untuk menunjang pelaksanaan Catur Dharma UII yang meliputi:

Pusat Pengkajian dan Pengembangan Ekonomi Islam (P3EI)

Fakultas Bisnis dan Ekonomika UII merupakan salah satu pelopor pengkajian dan pengembangan Ekonomi Islam (Ekonomi Syariah) di Indonesia. Salah satu wujud kepeloporan ini adalah didirikannya P3EI pada 1992 berdasarkan SK.Dekan No.758- 011/DE/IX/1992. P3EI memiliki visi menjadikan Ekonomi Islam sebagai karakter unggulan UII di tingkat Nasional yang mampu memberikan kontribusi nyata terhadap pengembangan keilmuwan, praktik ekonomi dan kemaslahatan bagi masyarakat. Adapun kegiatan P3EI terdiri dari penyelenggaraan pendidikan Ekonomi Islam yang didukung oleh pusat data dan penelitian. Menyelenggarakan penelitian di bidang Ekonomi Islam yang mampu menangkap potensi kebutuhan ekonomi masyarakat, dan mewujudkan jaringan pengembangan terhadap lembaga Ekonomi Islam pada level nasional dan internasional. Dalam bidang publikasi, P3EI telah menerbitkan berbagai buku, jurnal ilmiah, dan bentuk publikasi lainnya. Bahkan P3EI telah menjadi mitra Bank Indonesia untuk menerbitkan buku-buku Ekonomi Islam nasional, antara lain Ekonomi Islam (2005), Ekonomi Islam dan Pengelolaan Zakat yang Efektif (2016), Ekonomi Syariah untuk SLTA (2018), dan Ekonomi Syariah untuk Perguruan Tinggi (2019). Beberapa buku yang lain yaitu Akuntansi Syariah serta Manajemen Zakat. P3EI juga telah menjalin kerjasama penelitian dengan Bank Indonesia, Otoritas Jasa Keuangan, Kemenristekdikti, dan lain-lain. Di samping itu, P3EI menerbitkan jurnal Jurnal Ekonomi dan Keuangan Islam (JEKI) terbit tahun 2009, Asian Journal of Islamic Marketing (AJIM) dan Review of Islamic Social Finance and Entrepreneurship (RISFE). P3EI terlibat dalam berbagai kegiatan kajian dan pengembangan Ekonomi Islam dengan organisasi organisasi Ekonomi Islam di tingkat nasional maupun internasional, seperti Masyarakat Ekonomi Syariah (MES), Ikatan Ahli Ekonomi Islam (IAEI), Forum Dosen Ekonomi dan Bisnis Islam (FORDEBI), Islamic Economic Forum for Indonesia Development (ISEFID), Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS), Badan Wakaf Indonesia (BWI) dan Forum Silaturahmi dan Studi Ekonomi Islam (FOSSEI), IRTI Islamic Development Bank, dan Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM).

Pusat Pengkajian Ekonomi (PPE)

PPE yang didirikan pada tanggal 1 Februari 1996 berdasarkan SK Dekan No. 89-2/DE/IX/1996 merupakan wadah bagi dosen Prodi Ilmu Ekonomi dalam melaksanakan kegiatan penelitian, pelatihan, dan konsultasi dalam rangka pengembangan Ilmu Ekonomi. PPE juga merupakan sarana pengembangan potensi dosen dan mahasiswa melalui kegiatan penelitian, penulisan jurnal, workshop dan pengabdian masyarakat. PPE menerbitkan Jurnal Ilmiah sebagai media untuk mempublikasikan karya ilmiah para ilmuan, akademisi dan peneliti dari seluruh dunia, yaitu:

Economic Journal of Emerging Markets (EJEM)

Jurnal EJEM pertama kali terbit pada tahun 1993 sebagai Jurnal Ekonomi (ISSN 0854-5723), yang kemudian berubah menjadi Jurnal Ekonomi Pembangunan (JEP) pada tahun 1996 (ISSN 1410-2641), dan sejak tahun 2009 menjadi Economic Journal of Emerging Markets (EJEM) (ISSN 2502-180X). EJEM mengkaji ekonomi di pasar negara berkembang, yaitu ekonomi di negara berkembang dan ekonomi di daerah berkembang di negara maju. EJEM saat ini sudah terakreditas SINTA peringkat 1 (terbaik) serta terindex pada Emerging Sources Citation (Web of Science-WoS). 

Jurnal Kebijakan Ekonomi dan Keuangan (JKEK)

JKEK terbit pertama kali tahun 2022 secara online (ISSN 2961-7022). JKEK bertujuan untuk menerbitkan artikel ilmiah yang mengkaji dan menganalisis kebijakan di bidang Ekonomi dan Keuangan. Jurnal ini mencakup studi kebijakan di bidang Ekonomi Pembangunan, Ekonomi Regional, Ekonomi Internasional, Ekonomi Publik, Ekonomi Moneter, Ekonomi Islam, Ekonomi Ketenagakerjaan, dan Kebijakan Keuangan yang mencakup bidang Keuangan dan Perbankan.