Program Magister Akuntansi (Maksi) FE UII didirikan pada tahun 2010, yang merupakan sebuah program pendidikan S2 bidang akuntansi dengan gelar akademik M.Ak (Magister Akuntansi). Program Maksi FBE UII merancang kurikulum dan sistem pembelajarannya berbasis teknologi informasi serta nilai-nilai Islam sehingga mampu memberikan ciri dan keahlian khusus bagi lulusan Maksi FBE UII.

Selama lima tahun terakhir, program ini telah berhasil memberikan kontribusi ke masyarakat, baik dari sisi keilmuan, sumberdaya manusia maupun pengembangan organisasi swasta dan publik. Program Maksi FBE UII telah berhasil mengembangkan lima (4) konsentrasi, meliputi: Akuntansi Pemerintahan, Akuntansi Syariah, Perpajakan, dan Audit Forensik. Dari sisi input, mahasiswa yang mengikuti pendidikan Program Magister Akuntansi ini terdiri atas fresh graduate (lulusan sarjana baru) dan sebagian besar yang lain telah bekerja dan mempunyai pengalaman yang memadai. Setelah menyelesaikan program ini, lulusan program memiliki pengetahuan yang lebih komprehensif dan mampu memberikan solusi dalam menangani berbagai permasalahan organisasi, khususnya dari perspektif akuntansi. Dari berbagai survei di lapangan, kemampuan lulusan program Maksi FBE UII telah dikenal keandalannya dalam menyelesaikan berbagai permasalahan yang dihadapi perusahaan/organisasi.

Pada tahun 2018 ini program Maksi FBE UII menjalin kerjasama dengan universitas ternama di Australia yaitu The University of Western Australia (UWA) dalam beberapa aktivitas meliputi joint publication, joint research dan program dual degree. Ada pun program gelar ganda dilaksanakan dengan ketentuan (1+1) yaitu satu tahun menempuh studi di Maksi FBE UII dan satu tahun selanjutnya menempuh studi di UWA Business School. Setelah selesai dan dinyatakan lulus mengikuti program (1+1) tersebut mahasiswa berhak memperoleh dua gelar sekaligus, yaitu MPA (Master of Professional Accounting) dari UWA dan M.Ak. (Magister Akuntansi) dari UII.