Program Magister Ilmu Ekonomi (MIE) didirikan pada tahun 2009. Tujuan didirikannya prodi ini adalah untuk pengembangan khasanah keilmuan di bidang ekonomi dan keuangan Islam, sekaligus pengembangan pendidikan formal di tingkat magister sebagai kelanjutan program pendidikan yang sudah ada pada program sarjana. Pengembangan ini sejalan dengan perkembangan industri keuangan Islam (misalnya Bank Islam Asuransi Islam dan Pasar Modal Islam) secara khusus maupun praktik Ekonomi Islam secara umum, sehingga keberadaan prodi ini menjadi sangat relevan dengan upaya pemenuhan kebutuhan ssumber daya manusia yang kompeten dan handal di bidang ekonomi dan keuangan Islam secara khusus maupun di bidang ilmu ekonomi secara umum.

Selama lebih dari satu dekade program ini telah berjalan dan berhasil meraih sejumlah capaian penting antara lain dalam hal akreditasi BAN-PT yaitu diraihnya Akreditasi A  pada Tahun 2019, kemudian meningkat menjadi Akreditasi Unggul pada Tahun 2021. Capaian lainnya adalah bahwa hingga Angkatan ke-20 prodi ini telah berhasil menghasilkan lulusan lebih dari 130 alumni. Sebagian besarnya alumninya, sekitar separuhnya, berkarir menjadi dosen di perguruan tinggai baik negeri maupun swasta yang tersebar dari Aceh hingga Maluku. Sejumlah alumni lainnya tersebar sebagai praktisi di sektor keuangan, baik perbankan maupun LKM seperti BMT, konsultan maupun wirausahawan.

Prodi ini diselenggarakan dengan mengandalkan keunggulan pada pengembangan bidang ekonomi keuangan Islam yang didorong oleh tuntunan ideologis pada pengembangan keIslaman di bidang ekonomi dan keuangan yang sudah dirintis sejak tahun 80-an sebelum bidang ini dikembangkan oleh Lembaga pendidikan tinggi Islam sekalipun. Keunggulan ideologis tersebut didukung dengan kompetensi tenaga pengajarnya yang sangat kompeten dengan basis ilmu ekonomi yang kuat sehingga mudah untuk mendorong pengembangan ekonomi keuangan Islam.