Secara kelembagaan, Program Pascasarjana Fakultas Ekonomi (PPs FE) UII baru terbentuk pada bulan Mei 2006, ketika Program Magister Manajemen dan Program Doktor Ilmu Ekonomi digabung. Akan tetapi, secara eksistensi PPs FE UII sudah ada sejak tahun 1993, yaitu ketika Program MM UII didirikan. Sehingga boleh dikatakan bahwa usia PPs FE UII relatif sudah beranjak dewasa dengan memiliki kualitas dan reputasi yang sudah diakui oleh masyarakat, Apalagi jika diingat bahwa MM UII adalah program MM kedua di Indonesia yang dikelola perguruan swasta, yang dilahirkan oleh Universitas Islam Indonesia, yang notabene adalah universitas tertua di Indonesia, yang tentu saja sudah mempunyai tradisi akademik lebih dari enam puluh tahun.

Saat ini Program Pascasarjana Ekonomi Universitas Islam Indonesia Yogyakarta mengelola 4 (empat) program studi, yaitu Prodi Magister Manajemen, Prodi Magister Akuntansi, Prodi Magister Ekonomi & Keuangan, dan Prodi Doktor Ilmu Ekonomi.