Program Studi Akuntansi Program Magister (MAKSI) Fakultas Ekonomi UII berdiri sejak tahun 2010 dengan tujuan menghasilkan tenaga profesional yang memiliki kemampuan akademik dan kompetensi profesi guna memberikan solusi bagi permasalahan dalam bidang akuntansi dan keuangan secara inovatif. Para lulusan program ini akan memperoleh gelar akademik Magister Akuntansi (M.Ak.).

Kurikulum dan sistem pembelajaran program MAKSI dirancang dengan berbasis pada teknologi informasi serta nilai-nilai keislaman, sehingga mampu memberikan ciri dan keahlian khusus bagi lulusan MAKSI. Program ini menawarkan empat  (4) peminatan bidang akuntansi bagi para mahasiswa, yaitu Akuntansi Pemerintahan, Akuntansi Syariah, Perpajakan, dan Audit Forensik.

Selama beberapa tahun terakhir, program ini telah berhasil memberikan kontribusi kepada masyarakat, baik dari sisi keilmuan, sumber daya manusia, maupun pengembangan organisasi swasta dan publik. Kerja sama dengan berbagai institusi, baik di dalam negeri maupun di luar negeri, merupakan kunci dalam menebarkan manfaat seluas-luasnya bagi masyarakat guna mendukung pencapaian visi program studi. Melalui kerja sama tersebut, MAKSI berupaya untuk dapat memberikan kontribusi lebih di masyarakat di masa mendatang.