Fakultas Ekonomi Universitas Islam Indonesia (FE UII) menawarkan tiga program studi untuk jenjang pendidikan sarjana (strata satu), yaitu: Prodi Manajemen, Prodi Akuntansi, dan Prodi Ilmu Ekonomi.

Ketiga program studi tersebut menyelenggarakan kelancaran proses belajar mengajar sesuai dengan bidang ilmu masing-masing, dan melaksanakan pengkajian kurikulum, terutama yang berkaitan dengan bidang akademik, serta melaksanakan evaluasi kegiatan akademik baik yang dilaksanakan oleh dosen maupun oleh mahasiswa.

Program Studi Manajemen

Prodi Manajemen FE UII memperoleh Status Terdaftar pada tanggal 19 November 1962, dan Status Diakui  pada tanggal 14 Desember 1962. Selanjutnya, pada tanggal 18 Februari 1966 dengan SK Menteri PTIP No. 36, Prodi Manajemen memperoleh Status Disamakan untuk jenjang Sarjana Muda. Pada tahun 1981 Status Disamakan pada Prodi Manajemen baik untuk jenjang Sarjana Muda maupun Sarjana mendapat pengukuhan berdasarkan SK Mendikbud R.I. No. 0271/0/81 tertanggal 23 September 1981. Dengan SK Mendikbud R.I. No. 081/O/1992 tertanggal 31 Januari 1992, Prodi Manajemen memperoleh kembali pengukuhan Status Disamakan. Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor  015/BAN-PT/Ak-VII/ S1/VII/2003 menetapkan bahwa Prodi Manajemen mendapat akreditasi dengan nilai “A”.

Program Studi Akuntansi

Prodi Akuntansi FE UII mendapat Status Terdaftar berdasarkan SK Mendikbud R.I. No. 0233/O/83 tertanggal 6 Mei 1983. Status Diakui untuk Prodi Akuntansi diperoleh pada tahun 1990 sesuai dengan SK Mendikbud R.I. No. 0583/O/1990 tertanggal 4 September 1990. Status Disamakan untuk Prodi Akuntansi diperoleh pada tahun 1993 berdasarkan SK Mendikbud R.I. No. 199/DIKTI/Kep/1993 tertanggal 26 April 1993. Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor  015/BAN-PT/Ak-VII/ S1/VII/2003 menetapkan bahwa Prodi Akuntansi mendapat akreditasi dengan nilai “A”.

Program Studi Ilmu Ekonomi

Prodi Ilmu Ekonomi  FE UII yang dibuka mulai tahun akademik 1990/1991 dan memperoleh Status Terdaftar pada tanggal 21 Februari 1991 berdasarkan SK  Mendikbud R.I. No.  076/0/1991. Pada tahun akademik 1993/1994 berdasarkan SK. Dirjen Dikti Depdikbud R.I. No. 193/DIKTI/Kep/1994 tertanggal 9 Juli 1994, Prodi Ilmu Ekonomi memperoleh Status Diakui. Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 002/BAN-PT/Ak-II/XII/1998 tertanggal 22 Desember 1998 ditetapkan bahwa Prodi Ilmu Ekonomi mendapat akreditasi dengan nilai “A”. Nilai akreditasi “A” tersebut dapat dipertahankan oleh Prodi Ilmu Ekonomi dalam akreditasi ulang tahun 2003 yang lalu.